Csepregi Zoltán 1988-ban az Eötvös Loránd Tudományegyetem latin–ógörög szakán, 1994-ben az Evangélikus Teológiai Akadémia teológus-lelkész szakán végzett, majd 1998-ban a József Attila Tudományegyetem irodalomtudományi doktori programjában szerzett PhD-fokozatot. 2006 és 2010 között, valamint 2018-tól 2023-ig az Evangélikus Hittudományi Egyetem rektori tisztségét töltötte be, ugyanitt az Egyháztörténeti Tanszék tanszékvezető egyetemi tanára. Az MTA doktora, az MTA BTK Lendület Hosszú reformáció Kelet-Európában (1500–1800) Kutatócsoport tagja. 16–18. századi latin és német szövegeknek nemcsak kiadásával, hanem fordításával is foglalkozik.
A Luther válogatott művei című, a reformátor legfontosabb iratait tartalmazó új, tudományos igényű könyvsorozat kritikai kiadásának szerkesztője.
